1、手续简便。申请手续简便是马德里国际商标注册的重要优势，商标申请人仅需使用一种语言，在国内向主管机关提交一份申请书，缴纳一次费用，即可指定多个缔约国申请保护。相较之下，单一国家申请需要在各个国家以当地语言分别发起商标申请，分别缴纳各自费用。

2、时效有保障。马德里国际商标注册申请指定缔约方的商标保护大概需要2年的时间，更具可预测性。相较之下，部分国家的商标审查周期可能3-6年不等，不可确定。

3、费用相对低廉。相较于对于在海外多个国家或地区办理商标保护申请的商标申请人而言，采用马德里国际商标注册的方式申请商标保护仅需缴纳一次费用，而采用单一国家注册的方式则需向不同国家逐一缴纳申请商标注册的费用。由此可见，申请的国家越多，马德里国际商标注册的价格优势越明显。 

具体收费的标准不是固定的，国际局将根据汇率的变化或者应单独收费国因国内收费标准变化的要求及时将各国新的单独收费标准通知各成员国。（请登录www.wipo.int进行查询）

4、方便后续管理。对于在海外多个国家或地区办理商标保护申请的商标申请人而言，可直接通过WIPO办理多个缔约方的转让、续展、注销申请，通过一次变更即可将名称/地址的变更扩展至所有缔约方。可见，相比于单一途径申请的商标，马德里国际商标的后续管理更便捷。

1、成员国覆盖面存在缺口。相较于巴黎公约的成员国，马德里协定的成员国在数量上仍有欠缺，尤其是一些东南亚、非洲国家仍在该体系之外。因此，商标申请人如计划在这些国家取得商标保护，通过马德里国际商标注册的途径仍无法实现，必须依靠单一国家申请进行弥补。

2、以原属国注册为前提。马德里国际商标注册的申请人必须以在原属国已申请或已注册的商标为基础商标，向WIPO提起申请。换言之，马德里商标注册必须以国内商标注册或者国内商标注册申请为基础。相比之下，大多单一国家注册则没有以上限制，无论是否具有本国申请或注册都可以提交海外申请。

3、“中心打击”原则。“中心打击”原则是指，通过马德里体系注册的商标，在注册之日起五年内，无论何种原因，如果国内的商标申请没有被核准，或者国内的商标注册被撤销或被宣告无效，其效力将及于所有指定缔约方，该商标将不能再享有国际注册给予的保护。

由此可见，如果发生了“中心打击”的情形，商标申请人的损失将是巨大的，如果无法保证基础注册权利的稳固，后续补救的经济成本和时间成本将远远大于马德里国际商标注册本身。实践中，这一原则隐含的风险也成了众多具有国际商标注册需求申请人的心理障碍。相较而言，由于单一国家申请的各申请之间相互独立，就不存在这方面问题。

4、部分国家不会单独下发注册证书。根据协定和议定书的相关规定，在国际注册进入指定缔约方审查阶段后，12或18个月内WIPO没有收到指定缔约方的驳回通知书的，指定该缔约方的申请视为核准注册。对于该类默认核准注册的申请，目前只有少部分国家单独发出注册证书或证明，大部分国家不另行通知。因此，如在这些国家行使商标注册权利，需要向指定缔约方申请注册证明文件。